Sekcja biegowa składa się z dwóch podsekcji biegowych:

• biegi na orientację
• lekkoatletyka (maraton i biegi przełajowe oraz sprint)

Kierownikiem sekcji jest mgr Sławomir Woźniak.

Najstarszą podsekcją jest sekcja biegów na orientację. Założona została w 1987 roku, a pierwszym sukcesem sekcji było zdobycie w 1988r. złotego medalu Mistrzostw Polski przez sztafetę w składzie: Gliszczyński, Domagała, Niedzielski. W 1993r. odnotowaliśmy pierwszy międzynarodowy sukces – brązowy medal na Mistrzostwach Świata Juniorów zdobyli w sztafecie Robert Banach i Dariusz Mikusiński. Potem przyszły kolejne sukcesy: wicemistrzem świata Armii CISM został Dariusz Mikusiński, a Robert Banach został Mistrzem Świata Juniorów. Srebrny medal Mistrzostw był udziałem Janusza Gliszczyńskiego, a sztafeta z Małgorzatą Stankiewicz była trzecia. W kolejnych latach Robert Banach i Sławomir Woźniak zdobywali również medale Wojskowych Mistrzostw Świata CISM. Od początku istnienia sekcji jej zawodnicy zdobyli ponad 300 medali Mistrzostw Polski. Spora w tym zasługa trenera Tadeusza Rutkowskiego, który przez te lata wychował kilka pokoleń znakomitych zawodników, którzy reprezentowali nasz kraj na arenie międzynarodowej. Aktualnie w sekcji szkolonych jest 23 zawodników, a Bartosz Pawlak i Michał Olejnik należą do ścisłej czołówki krajowej w tej dyscyplinie.

W sekcji lekkoatletycznej szkolenie w głównej mierze odbywa się w kategoriach seniorów. Sekcja, choć niezbyt liczna bo zaledwie 6 osobowa, to jednak w jej skład wchodzą zawodnicy, którzy reprezentują najwyższy poziom krajowy oraz międzynarodowy. Od początku jej istnienia zawodnicy zdobyli również sporą ilość medali z Mistrzostw Polski, a także wiele medali w zawodach rangi Wojskowych Mistrzostw Świata i Europy. Tacy zawodnicy jak Henryk Szost, Michał Kaczmarek, Mariusz Giżyński i Monika Stefanowicz niejednokrotnie zdobywali medale indywidualne i drużynowe wojskowego czempionatu, a Henryk Szost jest aktualnym rekordzistą kraju w biegu maratońskim z wynikiem 2:07:39.